Генерал-фельдмаршал. В 1942–1943 гг. Шёрнер был командующим 19-м горным корпусом в Лапландии. С октября 1943 г. командовал 40-м танковым корпусом на территории Украины (генерал горных войск). С 7 апреля 1944 г. был командующим группой армий «Южная Украина» (генерал-полковник), с 25 июля 1944 г. – командующим группой армий «Север». В конце войны пытался оборонять Прагу от советских войск. Был взят в плен американскими войсками, выдан СССР. В 1952 г. был приговорен к 25 годам заключения, затем срок был снижен до 12,5 лет. В 1955 г. отпущен в ФРГ и амнистирован.